東京峰會(huì)開辦地是東京灣邊的新建筑“海之邊緣”，將在5月1日開辦峰會(huì)的時(shí)候?qū)⒂屑s2萬(wàn)名警察出動(dòng)。然而某一天卻在那里發(fā)生了發(fā)生超大規(guī)模的爆炸事件，在那里還出現(xiàn)了安室透的身影。對(duì)于不是峰會(huì)舉辦當(dāng)日而是之前發(fā)生爆炸，以及安室透難以理解的行動(dòng)，柯南感覺到了極大的違和感。 就在這時(shí)，現(xiàn)場(chǎng)證物上留下的指紋，竟然和毛利小五郎的指紋一致！這究竟隱藏著怎樣的陰謀。圍繞著逮捕小五郎，尋找真相的柯南和安室透陷入敵對(duì)。 謎一般的安室透，究竟是敵人，還是隊(duì)友？“機(jī)密任務(wù)”的倒計(jì)時(shí)，已經(jīng)向“那個(gè)時(shí)間”開始了。